怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？
此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！
同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
游佐浩二 诹访部顺一 东山奈央 落合弘治 大原沙耶香 羽多野涉 钉宫理惠 中村悠一 谷山纪章 平野绫 白石凉子 户松遥 野上尤加奈 楠大典 森巧治 小松史法 坪井智浩 里卓哉 小山刚志 金光宣明 箭内仁 峰畅也
竹达彩奈 阿澄佳奈 井口裕香 仪武祐子 茅野爱衣 寿美菜子 东山奈央 内田彩 飯塚麻結 葉月絵理乃 大原沙耶香 福井裕佳梨 宫本佳那子 广桥凉 间岛淳司 古川登志夫 平野文 绿川光 中田让治
铃村健一 森川智之 樱井孝宏 伊藤步 诹访部顺一 藤原启治 楠大典 浪川大辅 丰口惠美 青木麻由子 佐藤银平 大塚芳忠 奥田启人 伊丸冈笃 桐井大介 宝龟克寿 野泽那智 藤冈弘